EMV карта - это не флэшка, в которой записана сумма.
Внутри EMV карты находится программа (платёжное приложение), которая взаимодействует с терминалом. При этом используются криптографические функции.
Криптография также используется при персонализации карты. В общем случае изменить/заменить приложение может только его эмитент.
Если вас интересует массовая персонализация карт - вам надо идти к производителям станций персонализации. У них же есть и соответствующий софт.
Если вас интересует прием микропроцессорных карт - вам надо идти к производителям эквайрингового оборудования. У них же есть соответствующие библиотеки к оборудованию, сертифицированные EMVCo.